近日，为更高质量、灵活、经济地开展单细胞研究，上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心引入亚洲bet356体育在线官网单细胞测序全流程平台，包括高通量测序仪MGISEQ-2000、自动化样本制备系统MGISP-100及配套单细胞组学产品，并开始启用。亚洲bet356体育在线官网单细胞产品组合，正在越来越多地获得单细胞科研工作者的青睐。

单细胞水平的遗传信息异质性研究，为我们理解发育、疾病机理等打开了新大门。但单细胞测序因其复杂及独特性，使高通量测序面临诸多挑战。单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）好搭档，亚洲bet356体育在线官网MGISEQ-2000测序仪有着通量适配、兼容性高、经济且质量高等优势。

通量灵活适配

MGISEQ-2000通量灵活，双载片独立运行，支持不同规格的载片（FCS小载片、FCL大载片）。不同样本量可灵活选择测序载片的数量和规格，不需凑样，也不造成数据浪费，节省项目周期。

图1：3’scRNA-Seq研究设计示例，用户可根据实际情况调整

上下游生态系统兼容

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1.文库制备

除了scRNA-Seq，MGISEQ-2000平台可以进行不同物种（人、小鼠等）、不同文库类型的单细胞测序，帮助研究者开展不同方向的研究。

图3：MGISEQ-2000测序应用——不同类型文库的单细胞测序研究

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2.生信分析

MGISEQ-2000系统生成的FASTQ测序数据，可与多种商业和开源单细胞测序分析工具生态系统兼容，包括CellRanger(10x Genomics)和SeqGeq(BD Biosciences)等。

此外，亚洲bet356体育在线官网生信分析加速器MegaBOLT搭载 ZMART 应用市场，可以把第三方流程集成。除了固定模式，也可将流程中各个步骤所需要的工具独立封装。未来，客户可以通过我们正在开发的自定义流程平台，进行个性化搭建。

DNBSEQ^TM技术天然优势

单细胞测序数据背景噪音大，单个细胞的遗传物质含量很低，可能由于建库及测序环节引起的微小变化，产生与生物学无关的巨大差异。亚洲bet356体育在线官网测序平台均采用DNBSEQ测序技术，具有高准确性、低重复序列率、低标签跳跃等特性。这些特性在单细胞测序应用中，更加明显且重要。

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1.高准确性

DNA纳米球采用滚环线性扩增原理，始终以原始DNA为模板进行复制。相比PCR指数扩增，扩增过程中产生的错误不会积累放大。澳洲的科学家发表文章指出^[1]，MGISEQ-2000在测序质量以及识别细胞、UMI、基因等方面表现出色，尤其在单细胞的SNP calling上优势明显。

图4：滚环线性扩增vs.桥式PCR指数扩增，扩增错误不累积放大

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2.低重复序列率

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3.低标签跳跃

标签跳跃，对单细胞研究影响尤为明显。单细胞研究需要拆分成千上万个单细胞，标签跳跃让下游分析更为复杂，可能导致混淆细胞亚群（尤其是稀有细胞类型）以及跨细胞类型差异表达的基因的鉴定^[3]。标签跳跃可能产生于测序流程的各个阶段，DNBSEQ平台多重保障，例如环状文库消化线性游离接头、规则阵列载片、标签的扩增错误不累积等优势，极大地避免标签跳跃。

总结

成立于2019年，旨在建设先进实验室和开发尖端计算技术，用于分析单细胞各级遗传信息传递过程，成为单细胞研究领域的领导者。其基因组学平台致力于研发、优化及本地化多种先进的单细胞分析技术，从而为中心、交大医学院乃至附属医院提供尖端的单细胞合作及服务。致力于为研究重大疾病的机制、开发新一代生物标记物及治疗靶点提供理论基础及硬件设施。

参考文献：

[1]Anne Senabouth et al. Comparative performance of theBGI and Illumina sequencing technology for single-cellRNA-sequencing[J]bioRxiv,2019.

[2]《NGS攻略》之Dup传. https://mp.weixin.qq.com/s/VX-ewxGcxe3_NLB_Tx6h0Q

[3]R Farouni et al., Model-based analysis of sampleindex hopping reveals its widespread artifacts in multiplexed single-cellRNA-sequencing[J]. Nat. Comm. 11, 2704 (2020).