随着基因组技术的发展，分子标记辅助选择 (MAS)在动植物育种中得到广泛的应用，它使用分子标记信息结合传统系谱信息进行优势个体的预测和选择，结果更加精确。MAS先找到关联性状的分子标记，比如QTL定位或GWAS分析得到的标记，然后根据标记进行预测。 全基因组选择（Genomic selection，GS）是分子标记辅助选择（MAS）的升级，它利用全基因组的SNP分型信息计算基因组育种值（genomic estimated breeding value, GEBV），筛选并保留高GEBV值的个体。全基因组选择不依赖系谱记录和表型信息，不需要先定位QTL，比MAS效率高，特别是针对多基因控制的性状。全基因组选择已成为农业动植物经济性状遗传改良的重要方法，可以实现个体早期选择，缩短世代间隔，提高农业育种的效率。