通过对mRNA转录组测序，可以检测基因表达差异，发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点、基因融合、SNP以及Indel位点等。通过对非编码RNA测序，例如长链非编码RNA（lncRNA）和小RNA（Small RNA）等，可以鉴定和预测相应非编码RNA的种类和含量以及其靶基因，可用于肿瘤调控和发生发展研究。